Das Wirken von Bischof Erwin Kräutler wurde mit vielfältigen Preisen und Ehrungen ausgezeichnet:
Erzbischof Oscar A. Romero-Preis (1988)
Katholische Männerbewegung Österreichs
Binding-Preis für Natur- und Umweltschutz (1989)
Binding-Stiftung Fürstentum Liechtenstein
Dr. Bruno Kreisky-Preis für Verdienste um die Menschenrechte (1991)
Dr. Bruno Kreisky Stiftung für Verdienste um die Menschenrechte (Österreich)
Ehrendoktorrat der Sozial- und Wirtschaftswissenschaften (1992)
Leopold-Franzens-Universität Innsbruck (Österreich)
Dr.-Toni-Ruß-Preis (1992)
Herausgeber und Redakteure der "Vorarlberger Nachrichten" (Österreich)
Doktor der Theologie honoris causa (1992)
Theologische Fakultät Luzern (Schweiz)
Ehrenbürger von Altamira (1992)
Gemeinderat von Altamira (Brasilien)
Dr.-Karl-Renner-Preis (1992)
Dr.-Karl-Renner-Stiftung der Stadt Wien (Österreich)
Doktor der Theologie honoris causa (1993)
Fakultät Katholische Theologie der Otto-Friedrich-Universität Bamberg (Deutschland)
Ehrenbürger von Ourilândia do Norte (1996)
Gemeinderat von Ourilândia do Norte (Brasilien)
Ehrenring von Koblach (2001)
Gemeinde Koblach (Österreich)
Konrad-Lorenz-Preis (2002)
Staatspreis für Umweltschutz durch Bundesminister für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft Mag. Wilhelm Molterer (Österreich)
GLOBArt Award (2004)
GLOBArt connecting worlds of arts and sciences (Österreich)
Viktor-Frankl-Preis (2005)
Viktor-Frankl-Fonds der Stadt Wien (Österreich)
Ehrenbürger von Uruará (2006)
Gemeinderat von Uruará (Brasilien)
Goldenes Ehrenzeichen des Landes Vorarlberg (2006)
Land Vorarlberg (Österreich)
José Carlos Castro-Preis für die Verteidigung der Menschenrechte
und das Leben in Amazonien (2006)
Brasilianische Rechtsanwaltskammer – Sektion Pará (Brasilien)
Preis Alceu Amoroso Lima für Menschenrechte (2007)
Zentrum Alceu Amoroso Lima der Universität Cândido Mendes, Petrópolis (Brasilien)
Chico Mendes Medaille (2007)
Organisation „Nie wieder Folter“ Rio de Janeiro (Brasilien)
Grüner Preis der Amerikas 2008
Forum Greenmeeting mit Unterstützung der Vereinten Nationen, der Organisation Amerikanischer Staaten, brasilianischer Regierungsorgane, nationaler und internationaler Organisationen (Internationale)
Großes Goldenes Ehrenzeichen mit dem Stern für Verdienste um die Republik Österreich 2009
Bundespräsident der Republik Österreich
Doktor der Theologie honoris causa (2009)
Paris-Lodron-Universität Salzburg, Österreich
Alternativer Nobelpreis (2010)
Right Livelihood Awards, Stockholm
Leopold-Kunschak Preis (2012)
ÖVP-Preis Preis für herausragende Arbeiten
Bayrischer Naturschutzpreis (2016)
BUND Bayrischer Naturschutz
Memminger Freiheitspreis (2016)
Preis für Verdienste um Freiheit, Recht und Gerechtigkeit
Paulo-Frota-Medailla (2018)
Brasilianische Auszeichnung für Verdienste für die Menschenrechte